Sekwencje genów
Umożliwia to przypisanie danej sekwencji określonemu genowi. Sekwencje zbliżone do odpowiadających konkretnym genom w genomach innych organizmów prawdopodobnie są również genami wirusa i kodują białka o podobnej strukturze. Po zlokalizowaniu genów wirusa można badać funkcje kodowanych przez nie białek, a następnie odtwarzać przebieg procesów molekularnych, które umożliwiają wirusowi osiedlenie się i namnażanie w organizmie gospodarza. Prawdopodobnie będzie to pomocne w określeniu łatwych do zniszczenia białek i ich domen. Z reguły naukowcy biorą pod uwagę elementy, których uszkodzenie najbardziej zaburzyłoby aktywność wirusa. Koncentrują się też na domenach białkowych w jak najmniejszym stopniu podobnych do występujących w ludzkich białkach, by uniknąć uszkodzenia zdrowych komórek i związanych z tym działań niepożądanych. Zajmują się także takimi sekwencjami aminokwasowymi w łańcuchu peptydowym, które są w zasadzie identyczne we wszystkich najczęściej spotykanych wirusach chorobotwórczych. Wtedy opracowany lek będzie miał szerokie spektrum działania. Po zidentyfikowaniu słabych miejsc wirusa naukowcy mogą użyć różnych technik (w tym inżynierii genetycznej) w celu opracowania unieszkodliwiających go związków.